* Légion d'honneur (Legija časti) , najvišji francoski red za zasluge, mu je podelil leta 1878 in 1881.
* Copleyjeva medalja (1874) , eno najstarejših in najprestižnejših znanstvenih nagrad Kraljeve družbe v Londonu.
* Albertova medalja (1882) , ki ga je Kraljeva umetnostna družba podelila kot priznanje za njegove izjemne prispevke k znanosti in tehnologiji.
* Izvoljen je bil tudi v več prestižnih akademij , vključno s Francosko akademijo znanosti, Kraljevo družbo iz Londona in Académie Française.
To je le nekaj od številnih nagrad in priznanj, ki jih je Louis Pasteur prejel v svoji karieri. Velja za enega najpomembnejših znanstvenikov vseh časov, njegovo delo pa je močno vplivalo na zdravje in dobro počutje ljudi.