1. Vitez poveljnik Reda italijanske krone :Leta 1889 je italijanski kralj Umberto I. Flaglerja počastil z naslovom viteza poveljnika Reda italijanske krone. To prestižno nagrado so mu podelili kot priznanje za njegov prispevek k razvoju turizma na Floridi.
2. Legija časti :Leta 1904 je bil Flagler odlikovan z legijo časti, ki je najvišje odlikovanje, ki ga podeljuje francoska vlada. Ta čast je bila podeljena Flaglerju za njegove dosežke v hotelski industriji in njegov prispevek k razvoju francoske riviere.
3. Rooseveltova medalja :Leta 1915 je Flagler prejel Rooseveltovo medaljo od Nacionalne državljanske federacije, prestižne organizacije, namenjene spodbujanju socialnih in gospodarskih reform. Medalja je bila podeljena kot priznanje Flaglerjevi viziji, vodenju in človekoljubju.
4. Častne diplome :Flaglerju je za njegove dosežke priznalo tudi več izobraževalnih ustanov. Med drugim je prejel častne diplome Univerze Stetson, Rollins Collegea in Univerze na Floridi. Te diplome so potrdile njegov prispevek k izobraževanju in njegovo predanost napredku znanja.
5. Državljanske in skupnostne časti :Poleg teh formalnih nagrad so Flaglerja skozi njegovo življenje odlikovale tudi različne civilne in družbene organizacije. Prejel je številne plakete, certifikate in resolucije, ki priznavajo njegov prispevek k rasti in razvoju različnih regij na Floridi.
Te nagrade in priznanja odražajo visoko spoštovanje, ki ga je imel Flagler v času svojega življenja. Bil je splošno priznan po svojem vizionarskem duhu, predanosti izgradnji floridske turistične industrije in človekoljubnih prizadevanjih, ki so pustila trajen vpliv na državo.