Nekatera pojavna okna so zasnovana kot pomoč, druga pa so lahko moteča ali celo zlonamerna. Nekatera pojavna okna vam lahko na primer ponudijo informacije o posebni ponudbi ali vas opozorijo na varnostno tveganje. Drugi vas lahko poskušajo zavesti, da prenesete zlonamerno programsko opremo ali se prijavite za naročniško storitev.
Delovanje pojavnih oken lahko nadzorujete v nastavitvah spletnega brskalnika. Večina brskalnikov vam omogoča, da blokirate vsa pojavna okna ali dovolite samo pojavna okna z določenih spletnih mest. Prav tako lahko onemogočite pojavna okna za določene vrste vsebine, kot so oglasi ali pripomočki družbenih medijev.
Če vidite pojavno okno, ki ga ne želite, ga lahko običajno zaprete s klikom na gumb "X" v kotu okna. Lahko tudi pritisnete tipki "Alt+F4", da zaprete vsa odprta okna.
Če vas skrbi, da bi bilo pojavno okno zlonamerno, lahko z varnostnim skenerjem pregledate svoj računalnik za zlonamerno programsko opremo. Zlonamerna pojavna okna lahko prijavite tudi svojemu brskalniku ali ponudniku varnostne programske opreme.