2. Stacionarna faza :Pri gelski elektroforezi je stacionarna faza gel (agaroza ali poliakrilamid), pri papirni kromatografiji pa je stacionarna faza list vpojnega papirja.
3. Ločevanje snovi :Razlika v hitrostih gibanja skozi stacionarne faze loči snovi v obeh tehnikah.
4. Vizualizacija :Po ločevanju se snovi vizualizirajo z uporabo ustreznih metod barvanja ali detekcije.